Emi.. lo estamos hablando por chat, pero de todos modos lo dejo por aca asi le sirve de consulta a alguno que busque info...
Por un lado estas mezclando los drivers
SPARK A sigue saliendo por pin #36... el original de la mega, el mismo que salia cuando tenias distri.
Para DIS recomiendan tomar señal de los leds entonces quedaría
Levantas JS10 que va puenteado con IGBTIN
soldás una resistencia de 330ohms a la pata superior de R26 y el otro extremo lo mandas a IGBTIN. (SPARK A)
A la resistencia R43 la puenteas
soldás una resistencia de 330ohms a la pata superior de R29 y el otro extremo lo mandas a la pata 1 del driver (SPARK B) mirándolo de frente la de la izquierda
soldás un cable a la pata 2 del driver (SPARK B) pata del centro y lo mandas a algun pin libre del DB36 (SPR) están buenos para usarlos, lo que si hay que reforzarlos.
saldos otro cable a la pata 3 del driver (SPARK B) pata de la derecha y lo mandas al puente del R43.

Y usas la config que posteaste antes...

Bueno muchachos, problema parcialmente solucionado. Al menos la mega ahora esta funcionando OK.
Estuvimos toda la tarde con Lucho buscandole la vuelta, la cosa era que de la pata central del Q16 no salia pulso, asi que decidimos levantar todos lso componentes que habia en el proto area de los extras y emepzar de nuevo. En principio las dos resistencias que salian del R26 y R29 no eran de 330ohms, asi que empece cambiando eso, probamos y salio andando de una!
Asi que resta probarla en el auto, primero tengo que hacer el soporte para el VR.
El circuito del LM1815 funciona perfectamente!!

Gracias a todos por colaborar, luego les aviso si arranco  

Arranco muchachos!!!
Pero sigo con el quilombito de lectura. La mega ya comprobe que probandola en la mesa haciendo girar la polea con un taladro lee perfecto y sin cortes, la meto en el auto y empiezan los quilombos.

Hice un soporte para el VR que me permite regularlo de la forma que quiero en cuanto a distancia y angulo. Probe de todas formas posibles pero ninguna estabiliza el motor, queda regulando totalmente desparejo, obviamente porque deja de tirar chispa en el momento que no lee RPM. La unica que se me ocurre es que sea ruido...
A lo que le desconfio es a los cables de bujia que son los que tengo hace como 3 años, ni idea si son resistivos, son unos bosch que los medi y estaban dentro de la impedancia correcta, igual pienso cambiarlos. Que me recomiendan? Alguna otra idea?

Yo tampoco tenia porblemas con estos cables cuando tenia distribuidor, pero que se yo, por ahi es mas sensible la señal a ruidos externos. Ahi me dijeron que pruebe con el Noise Filtering a ver si mejora.

Ya esta muchachos!! Estaba invertido el cable de señal del sensor  Un pelotudo yo jajaja, pero bueno, en la cochera no veo un carajo, REALMENTE esta oscuro, 3 pisos bajo tierra 
Ahora regula PERFECTO, todo gracias a ustedes!!! Despues paso con limpio lo que habia comentado de agregar el 1815 en la mega V3 para los interesados.

Gracias nuevamente!

Fuckin polaridad 
A mi tambien me paso...   pero fue lo primero que toque. y no me di cuenta en recordartelo. 

bue, mejor asi, un caso mas resuelto