Me suena que te estas mezclando. Una cosa es el input y otra el output. El input es la señal que recibe la mega en lo que respecta a posicion de cigueñal. Veo que tenes una rueda 60-2 ahi y el respectivo sensor. No sabria decirte si es VR o Hall. Averigua eso y ahi ves que hacer en el paso 52. Fijate que te da las dos opciones.
Si tenes VR
* Jumper VRIN to TACHSELECT on the bottom side of the PCB (near the DB37, opposite the heat sink.)
* Jumper TSEL to VROUT (Or VROUTINV if you want the VR input to be inverted) on the bottom side of the PCB, near the center.
Si tenes Hall
* Jumper XG1 to XG2 on the bottom side of the PCB, near the 40 pin socket,
* Jumper OPTOIN to TACHSELECT on the bottom side of the PCB, near the DB37 connector, opposite the heat sink.
* Jumper TSEL to OPTOOUT on the bottom side of the PCB, near the center.
Pero solo una opcion (igual vas a ver que no se pueden las dos a la vez )
En cuanto a la parte de output, es lo que sale de la mega para controlar el encendido, en base a lo que le llega de input digamos. En tu caso tenes chispa perdida, por lo que tenes doble bobina. La mega armandola como dice el assemply guide esta diseñada digamos, para manejar una sola bobina. Vos la bobina la podes manejar de dos formas: Directo de la mega, con el correspondiente circuito armado (paso 65 y puenteando JS10 a IGBTIN y IGBTOUT a IGN) o, si tenes un modulo de ignicion, controlar la bobina atreves del modulo y este a su vez con la mega (Puenteando JS10 directo a IGN).
Vos al tener chispa perdida, tenes dos bobinas y vas a tener que hacerle algo mas. Metete aca
http://www.msextra.com/doc/ms2extra/MS2-Extra_Ignition.htm#2coils . Vas a tener que cargarle el codigo Extra a la mega para poder manejar las dos bobinas y ademas hacer las correspondientes modificaciones de hardware.
Espero que te sirva y si alguien ve que dije algo mal, me corrija por favor!
Saludos y suerte