Las que yo he manoseado de FS traian el codigo 029y4 que es el ultimo que salio de la megasquirt and spark extra y las usaba con el megatune y no deberias tener problemas en usar el tuner studio tampoco, de hecho el tuner tiene la opcion de autodetectar la version del firmware.
Igualmente Sí, le podes cambiar el firmware, tenes que poner la pata 27 del micro a masa o puentear R6 si tenes la V3 y con el bootloader le cargas el firmware que quieras, pero acordate que perdes la puesta a punto, tenes que guardar el archivo.
Igualmente te recomiendo que no lo hagas, fijate si la podes hacer andar como está

Saludos, Nicolás